Descrição
Este programa faz uso das diversas ferramentas “AMBER/AMBERtools”, para, a partir do arquivo de coordenadas do sistema alvo, realizar toda preparação do sistema (incluindo cálculo de distribuição de cargas e solvatação) e executar os quatro estágios de dinâmica molecular: Minimização de energia, Aquecimento, Equilibração e Produção. Neste programa também foi implementado uma função inexistente das ferramentas “AMBER/AMBERtools”, que é a mutação de uma (ou mais) componente(s) do sistema. O uso do programa é focado em sistemas proteicos.
Diferencial Tecnológico
Para realizar uma simulação de dinâmica molecular usando os pacotes “AMBER/AMBERtools”, é necessário amplo conhecimento das funcionalidades de múltiplas de suas ferramentas e dos diversos algoritmos de dinâmica molecular. Como consequência, é demasiadamente laborioso aprender e/ou revisar os métodos corretos de uso desses pacotes computacionais. Devido à falta de um programa que faria um intermédio entre as ferramentas e o usuário, decidiu-se desenvolver um programa gerenciador de dados, automatizando o processo de dinâmica molecular com uso dos pacotes “AMBER/AMBERtools”.
Objetivos da Universidade
Transferência de Tecnologia
