Descrição
O software PROTLIGSCORE tem a função de calcular a afinidade entre proteína e ligante. A informação sobre a afinidade indica o potencial uso farmacológico da molécula. O software usa como entrada as coordenadas atômicas da proteína alvo do fármaco (formato Protein Data Bank) e as coordenadas atômicas do potencial fármaco (formato mol2). O resultado é a afinidade proteína-ligante, indicada na forma de pKd e energia livre de Gibbs
Diferencial Tecnológico
Com base em funções polinomiais aplicadas a termos de interação, como ligações de hidrogênio, contato hidrofóbico, efeito de deformação e interações de van der Waals, o programa calcula a afinidade entre proteína e ligante(s) em unidades de pKd ou delta G ligação (energia livre de ligação). A validação deste algoritmo demonstrou que o presente programa tem capacidade de calcular a afinidade com maior eficiência do que os outros programas conhecidos (XSCORE) (Wang et al., 2002), apresentando uma maior correlação com os dados experimentais. A principal desvantagem está relacionada à inexistência de um modelo computacional que consiga prever com 100 % de eficácia o potencial farmacológico de uma molécula, a partir exclusivamente da sua estrutura tridimensional
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